Si accede al Museo Pepoli dal giardino dal giardino del Santuario dell'Annunziata. Questo breve percorso allontana il visitatore dai rumori della strada e lo prepara ai silenzi e alle suggestioni del bellissimo chiosco rinascimentale da cui si accede alle sale del Museo.

All'interno si sale per uno scalone monumentale detto "magnifico", superba opera architettonica, verso le sale di esposizione delle opere scultoree del 500 e del 600 e delle collezioni di arti decorative che testimoniano il ricco artigianato trapanese. Si ammirino l'eleganza delle statuine da presepe realizzate nel 18° secolo in legno, tela e colla oltre che la raffinatezza dei gioielli realizzati in oro, corallo, pietre preziose e smalti e la policromia delle ceramiche fra cui i pavimenti maiolicati raffiguranti scene della pesca del tonno e del corallo.

Ma sono i coralli trapanesi, vere opere d'arte del 17° e 18° secolo a catturare l'attenzione del visitatore: i presepi, la lampada di Matteo Bavera, i calici, gli ostensori, sono rappresentativi della raffinata perizia tecnica e perfezione formale raggiunta dai maestri corallari trapanesi.